目前在飲用水管理工作中，存在部門職責(zé)不清，職能交叉嚴(yán)重的問題，主要表現(xiàn)在以下兩方面。

(1) 飲用水水源保護(hù)問題，主要是水利部門和環(huán)保部門負(fù)責(zé)，從職能分析比較來看，飲用水水源保護(hù)對(duì)象凸現(xiàn)的是水的資源功能，而不是環(huán)境功能，應(yīng)當(dāng)由水利部門牽頭，但在現(xiàn)行規(guī)定和實(shí)際工作中，往往是環(huán)保部門牽頭負(fù)責(zé)飲用水水源保護(hù)工作。雙方在入河排污口管理、水功能區(qū)劃、飲用水水源保護(hù)區(qū)劃定中都有所交叉或沖突。至于供水和水源水質(zhì)監(jiān)測(cè)工作，以上四部門和供水企業(yè)都有名自監(jiān)測(cè)隊(duì)伍，從總體上看，在監(jiān)測(cè)能力和力量不足的同時(shí)又造成了大量重復(fù)建設(shè)和浪費(fèi)。

(2) 出水水質(zhì)管理問題，主要是衛(wèi)生部門和建設(shè)部門負(fù)責(zé)。兩者管理角度和方式不同，衛(wèi)生部門從防治傳染病，加強(qiáng)衛(wèi)生監(jiān)管的角度，負(fù)責(zé)飲用水衛(wèi)生監(jiān)督工作，建設(shè)部門作為供水企業(yè)的行業(yè)主管和資質(zhì)管理單位，負(fù)責(zé)供水水質(zhì)管理工作。但在實(shí)際工作中，兩者的管理對(duì)象是一致的，職責(zé)往往難以分清，如《生活飲用水衛(wèi)生監(jiān)督管理辦法》規(guī)定了建設(shè)部門負(fù)責(zé)飲用水衛(wèi)生管理工作，這與衛(wèi)生監(jiān)督工作就很難區(qū)分。

為了使飲用水水質(zhì)安全保障工作能夠全面順利地進(jìn)行，應(yīng)盡快扭轉(zhuǎn)多頭管理的體制。衛(wèi)生部、建設(shè)部、水利部、國(guó)土資源部、環(huán)境保護(hù)部應(yīng)各負(fù)其責(zé)，從水資源的自然屬性和優(yōu)化配置、高效利用的客觀需要出發(fā)，要進(jìn)一步加快水務(wù)一體化進(jìn)程。將建設(shè)部門指導(dǎo)城市供水、節(jié)水職能和對(duì)污水處理的行業(yè)管理職能移交給水利(水務(wù))部門，由其對(duì)水源、供水、節(jié)水、排水、治污和回用等進(jìn)行一體化管理。水利(水務(wù)) 部門應(yīng)當(dāng)統(tǒng)籌考慮水資源的配置和管理、水源工程的建設(shè)、飲用水水源的保護(hù)以及對(duì)供水企業(yè)的水質(zhì)管理和行業(yè)指導(dǎo)等，并牽頭組建統(tǒng)一的飲用水水質(zhì)監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)和組織信息發(fā)布工作，在飲用水安全問題上起到主導(dǎo)作用。另外，衛(wèi)生、環(huán)保部門應(yīng)當(dāng)配合水利(水務(wù)) 部門做好飲用水安全工作，衛(wèi)生部門工作職責(zé)應(yīng)當(dāng)界定在集中式供水單位的管網(wǎng)和出廠水以及相關(guān)產(chǎn)品、人員的衛(wèi)生監(jiān)管上，而環(huán)保部門則主要負(fù)責(zé)工業(yè)污染源的監(jiān)控，同時(shí)會(huì)同農(nóng)業(yè)部門做好面源污染防治工作。